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BIOINF4110 - Seminar Bioinformatik I

Dozent:

Betreuerteam:

Leistungspunkte: 4

Termin: Donnerstag, 19.9 und Freitag, 20.9.2013 (gänztägig, Blockseminar)

Ort: Seminarraum, Untergeschoss, Paul-Ehrlich-Straße 5, Max-Planck-Campus Tübingen

Lehrform: Seminar

Qualifikationsziele/ Kompetenzen: Die Studierenden lernen Ausschnitte der aktuellen Forschung auf dem Gebiet der Bioinformatik kennen, anhand von aktuellen Artikeln aus den führenden Konferenzen ISMB und RECOMB. Sie können eigenständig wissenschaftlich recherchieren und ihre Ergebnisse zusammenfassen und präsentieren.

Modulinhalt:

Schwerpunktmäßig werden die Themen Sequenzanalyse und Evolution bearbeitet. Kernthemen sind dabei Paarweises Alignment, BLAST and BLAT, Suffixbäume und deren Anwendungen, Sequenzassemblierung, Multiples Alignment, Pysikalisches Mapping, Hidden-Markov-Modelle und Gene Finding, Motivsuche, Supportvektormaschinen, Modelle für DNA-Evolution, Phylogenie, Syntenie, Phylogienen auf ganzen Genomen und Metagenomik. Die Vorlesung geht auf die Themen, die zum Teil im BSc?-Modul ‚Grundlagen der Bioinformatik‘ enthalten sind, vertieft ein und behandelt dabei insbesondere fortgeschrittene Techniken sowie forschungsbezogene Anwendungen. Projektarbeit zu forschungsbezogenen Themen ist in die Vorlesung eingebettet. Darüber hinaus ist in diesem Modul ein Seminar zu einem spezielleren Thema der Bioinformatik enthalten, das die Inhalte der Vorlesung erweitert und vertieft.

Anmeldung:

Die Teilnehmer werden gebeten, sich neben der offiziellen Anmeldung auch per Email bei karsten.borgwardt@tuebingen.mpg.de anzumelden.

Verbindlicher Vorbesprechungstermin mit Themenvergabe:

  1. Juli 2013, 14:00 Uhr, Untergeschoss, Paul-Ehrlich-Straße 5, Tübingen (Bitte bei MPI-IS FG Borgwardt klingeln!)

Anforderungen an die Teilnehmer:

Hinweise zur schriftlichen Ausarbeitung: