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BIOINF4110 - Seminar Bioinformatik I

Dozent:

Betreuerteam:

Leistungspunkte: 4

Termin: Dienstag, 25.9 und Mittwoch, 26.9.2012 (gänztägig, Blockseminar)

Ort: Seminarraum, Untergeschoss, Paul-Ehrlich-Straße 5, Max-Planck-Campus Tübingen

Lehrform: Seminar

Qualifikationsziele/ Kompetenzen: Die Studierenden lernen Ausschnitte der aktuellen Forschung auf dem Gebiet der Bioinformatik kennen, anhand von aktuellen Artikeln aus den führenden Konferenzen ISMB und RECOMB. Sie können eigenständig wissenschaftlich recherchieren und ihre Ergebnisse zusammenfassen und präsentieren.

Modulinhalt:

Schwerpunktmäßig werden die Themen Sequenzanalyse und Evolution bearbeitet. Kernthemen sind dabei Paarweises Alignment, BLAST and BLAT, Suffixbäume und deren Anwendungen, Sequenzassemblierung, Multiples Alignment, Pysikalisches Mapping, Hidden-Markov-Modelle und Gene Finding, Motivsuche, Supportvektormaschinen, Modelle für DNA-Evolution, Phylogenie, Syntenie, Phylogienen auf ganzen Genomen und Metagenomik. Die Vorlesung geht auf die Themen, die zum Teil im BSc?-Modul ‚Grundlagen der Bioinformatik‘ enthalten sind, vertieft ein und behandelt dabei insbesondere fortgeschrittene Techniken sowie forschungsbezogene Anwendungen. Projektarbeit zu forschungsbezogenen Themen ist in die Vorlesung eingebettet. Darüber hinaus ist in diesem Modul ein Seminar zu einem spezielleren Thema der Bioinformatik enthalten, das die Inhalte der Vorlesung erweitert und vertieft.

Anmeldung:

Teilnehmer werden gebeten, sich neben der offiziellen Anmeldung auch per Email bei karsten.borgwardt@tuebingen.mpg.de anzumelden.

Verbindlicher Vorbesprechungstermin mit Themenvergabe:

NEUER TERMIN

  1. Juni 2012, 13:00 Uhr, Untergeschoss, Paul-Ehrlich-Straße 5, Tübingen

Anforderungen an die Teilnehmer:

Zeitlicher Ablauf:

Dienstag, 25.9.2012 10:00:00 Gieraths Udo Shih et al., ISMB 2012
  10:45:00 Kirstahler Philipp Li et al., ISMB 2011
  11:30:00 Pause    
  12:00:00 Peter Jörg Peng et al., ISMB 2012
  12:45:00 Römer Michael Darnell et al., ISMB 2012
Mittwoch, 26.9.2012 10:00:00 Heinsohn Niklas Tuncbag et al., RECOMB 2012
  10:45:00 Piven Volodymyr Wang et al., ISMB 2012
  11:30:00 Pause    
  12:00:00 Schmidt Stephanie Patel et al., ISMB 2012
  12:45:00 Seitz Alexander Kam-Thong et al., ISMB 2011